Климатические условия заповедника очень неоднородны. По Саянскому хребту проходит граница между
областями переноса атлантических и арктических воздушных масс с одной стороны и центральноазиатской областью – с другой. Климат северной и южной ча стей заповедника резко отлича ется друг от друга. Климат север ной части влажный, а южной — резко континентальный, сухой.
Заповедник организован для сохранения и изучения типичных и уникальных природных комплексов Западного Саяна. О действенности заповедного режима свидетельствует целостность и обилие видов, характерных для этих мест. Заповедник активно участвует в разработке и внедрении научных основ охраны природы и рационального природопользования региона.