Национальный парк находится на границе подзон южной тайги и хвойно-широколиственных лесов
Лесом покрыты 84,1% его территории. Хотя вследствие хозяйственной деятельности велика доля производных лесов, главным образом березняков и сероольшаников очень значительную площадь занимают леса с преобладанием ели и сосны .Местами, например на больших островах Валдайского озера и к югу от него, полновозрастные хвойные леса превалируют над лиственными.
Результат хозяйственной деятельности породил высокую мозаичность в распределении растительных сообществ