Оценка качества прочтений NGS / FastQC презентация

Trimmomatic
Trimmomatic – быстрый, удобный инструмент, предоставляющий широкие возможности по очистке ридов от служебных последовательностей (адаптеров) и нуклеотидов с низким качеством.
Представляет из себя консольное приложение.
Работает с FASTQ файлами (умеет работать и с phred + 33 и с phred + 64 quality scores), а также с сжатыми gzip и bzip2.
Может работать как с paired-end так single-end данными.

Single End Mode
При работе программы в формате Single End на вход подается один FASTQ файл. Результатом также является один файл.

Paired End Mode
При работе программы в формате Paired End на вход подается два файла. Результатом работы являются 4 файла. Два файла ‘paired’, где оба рида из пары сохранились. Два файла ‘unpaired’ , в которых риды сохраняются даже в случае, если его «пара» была удалена.

ILUMINACLIP
Используется для удаления адаптеров Illumina

SLIDINGWINDOW
Выполнят обрезку, когда среднее качество нуклеотидов в «рамке» падает ниже порога. Таким образом, 1 нуклеотид с низким качеством среди множества с высоким не приведет к удалению последовательности.
SLIDINGWINDOW:
:
windowSize – определяет число оснований «рамки», в которой рассчитывается среднее значение качества
requiredQuality – определяет минимальное среднее качество в «рамке»

LEADING
Удаляет основания низкого качества из начала рида. До тех пор пока качество нуклеотидов остается ниже определенного уровня «threshold» они будут удалятся.
LEDING :
quality – определяет минимальное требуемое качество

TRAILING
Удаляет основания низкого качества из конца рида. До тех пор пока качество нуклеотидов остается ниже определенного уровня «threshold» они будут удалятся.
TRAILING :
quality – определяет минимальное требуемое качество

CROP
Удаляет основания с конца ридов вне зависимости от качества, обрезая все риды до одной длины.
CROP:
length – число оснований, которые будут сохранены от начала рида

HEADCROP
Удаляет основания с начала ридов вне зависимости от качества, обрезая все риды до одной длины.
HEADCROP:
Число оснований удаляемых из начала рида