На территории заповедника несложно увидеть лося.
Здесь постоянно проживает около 13 видов
хищных животных – это бурые медведи, волки, лисицы, куница, ласки, барсуки. Рыси, колонки, горностая, выдры, лесные хори встречаются реже.
Есть землеройные – куторы, бурозубки, три вида летучих мышей, насекомоядные.
Птицы Южно-Уральского заповедника представлены почти 190 видами, из которых более 130 гнездятся, больше десятка – залетные, почти тридцать – пролетных. В основном здесь обитают лесные птицы, реже – жители открытых пространств и водноболотные.
В Южно-Уральском заповеднике встречается немало видов птиц, занесенных в федеральную Красную книгу: это черный аист, беркут, филин, сапсан, кречет, змееяд, орлан-белохвост, луток, осоед, выпь, лебедь-кликун, удод, подорлик, серый гусь, гоголь, два вида куропаток.