Слайд 2Базовые понятия
Хроматин
Транскрипционные факторы
Структурные белки хроматина( в основном гистоны)
Хроматин ремодулирующие комплексы
Хромосомные контакты(cis-, trans-)
Промотор гена
Энхансер
гена
Транскрипт
FDR.
pValue
Слайд 3Базовые методы.
ПЦР
NGS
Микрочипы
Массовое параллельное секвенирование.
Методы фиксации хроматиновых взаимодействий
физические(ультрафиолет)
химические(формальдегид)
Методы фрагментации ДНК
физические (ультразвук, механические методы фрагментации)
химические(гидролиз)
ферментативные(нуклеазы:фрагментаза,
никазы, рестректазы)
Иммунопреципитация хроматина.
Слайд 4Цели
Сопоставление регуляторных участков(энхансеров), с генами мишенями
Изучение особенности пространственной организации хроматина различных тканей и
типов клеток
Слайд 5Методы исследования пространственной организации хроматина
Микроскопические
FISH-based
Достоинства:
Высокая достоверность, клеточная специфичность
Недостатки:
Низкое разрешение, низкая чувствительность.
Молекулярные
Слайд 93С
Достоинства: Дешевизна, высокая чувствительность, высокое разрешение
Недостатки: Низкая точность, необходимость заранее знать возможные контакты.
2. 4С
Достоинства:
Дешевизна, высокая чувствительность, относительная простота.
Недостатки: Низкое разрешение, необходимость заранее знать возможные контакты.
3. 5С
Достоинства: Дешевизна, высокая чувствительность, относительная простота, высокое разрешение.
Недостатки: необходимость заранее знать возможные контакты.
4. Hi-C
Достоинства: Полнота выявление контактов.
Недостатки: Низкое разрешение.
5. ChIA-PET.
Достоинства: Полнота выявление контактов, высокое разрешение, возможность поиска специфичных взаимодействий.
Недостатки: Сложность метода, большое число методических ошибок.
Слайд 16Источники ошибок при поиске хромосомных контактов
Типы ошибок:
Систематические
Случайные
Слайд 17Случайные ошибки
Ошибки лигирования.
Ошибки картирования
Ошибки секвенирования
Неспецифическая рекомбинация при ПЦР
Слайд 20Систематические ошибки
ПЦР
Ошибки картирования
Специфичность антител
Особенности фиксации взаимодействия
Структурные особенности хроматина
Рекомбинация повторов при амплификации библиотек