Слайд 2
![Базовые понятия Хроматин Транскрипционные факторы Структурные белки хроматина( в основном](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/193357/slide-1.jpg)
Базовые понятия
Хроматин
Транскрипционные факторы
Структурные белки хроматина( в основном гистоны)
Хроматин ремодулирующие комплексы
Хромосомные контакты(cis-,
trans-)
Промотор гена
Энхансер гена
Транскрипт
FDR.
pValue
Слайд 3
![Базовые методы. ПЦР NGS Микрочипы Массовое параллельное секвенирование. Методы фиксации](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/193357/slide-2.jpg)
Базовые методы.
ПЦР
NGS
Микрочипы
Массовое параллельное секвенирование.
Методы фиксации хроматиновых взаимодействий
физические(ультрафиолет)
химические(формальдегид)
Методы фрагментации ДНК
физические (ультразвук, механические
методы фрагментации)
химические(гидролиз)
ферментативные(нуклеазы:фрагментаза, никазы, рестректазы)
Иммунопреципитация хроматина.
Слайд 4
![Цели Сопоставление регуляторных участков(энхансеров), с генами мишенями Изучение особенности пространственной](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/193357/slide-3.jpg)
Цели
Сопоставление регуляторных участков(энхансеров), с генами мишенями
Изучение особенности пространственной организации хроматина различных
тканей и типов клеток
Слайд 5
![Методы исследования пространственной организации хроматина Микроскопические FISH-based Достоинства: Высокая достоверность,](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/193357/slide-4.jpg)
Методы исследования пространственной организации хроматина
Микроскопические
FISH-based
Достоинства:
Высокая достоверность, клеточная специфичность
Недостатки:
Низкое разрешение, низкая чувствительность.
Молекулярные
Слайд 6
![](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/193357/slide-5.jpg)
Слайд 7
![](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/193357/slide-6.jpg)
Слайд 8
![](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/193357/slide-7.jpg)
Слайд 9
![3С Достоинства: Дешевизна, высокая чувствительность, высокое разрешение Недостатки: Низкая точность,](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/193357/slide-8.jpg)
3С
Достоинства: Дешевизна, высокая чувствительность, высокое разрешение
Недостатки: Низкая точность, необходимость заранее знать
возможные контакты.
2. 4С
Достоинства: Дешевизна, высокая чувствительность, относительная простота.
Недостатки: Низкое разрешение, необходимость заранее знать возможные контакты.
3. 5С
Достоинства: Дешевизна, высокая чувствительность, относительная простота, высокое разрешение.
Недостатки: необходимость заранее знать возможные контакты.
4. Hi-C
Достоинства: Полнота выявление контактов.
Недостатки: Низкое разрешение.
5. ChIA-PET.
Достоинства: Полнота выявление контактов, высокое разрешение, возможность поиска специфичных взаимодействий.
Недостатки: Сложность метода, большое число методических ошибок.
Слайд 10
![](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/193357/slide-9.jpg)
Слайд 11
![](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/193357/slide-10.jpg)
Слайд 12
![](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/193357/slide-11.jpg)
Слайд 13
![](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/193357/slide-12.jpg)
Слайд 14
![](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/193357/slide-13.jpg)
Слайд 15
![](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/193357/slide-14.jpg)
Слайд 16
![Источники ошибок при поиске хромосомных контактов Типы ошибок: Систематические Случайные](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/193357/slide-15.jpg)
Источники ошибок при поиске хромосомных контактов
Типы ошибок:
Систематические
Случайные
Слайд 17
![Случайные ошибки Ошибки лигирования. Ошибки картирования Ошибки секвенирования Неспецифическая рекомбинация при ПЦР](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/193357/slide-16.jpg)
Случайные ошибки
Ошибки лигирования.
Ошибки картирования
Ошибки секвенирования
Неспецифическая рекомбинация при ПЦР
Слайд 18
![](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/193357/slide-17.jpg)
Слайд 19
![](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/193357/slide-18.jpg)
Слайд 20
![Систематические ошибки ПЦР Ошибки картирования Специфичность антител Особенности фиксации взаимодействия](/_ipx/f_webp&q_80&fit_contain&s_1440x1080/imagesDir/jpg/193357/slide-19.jpg)
Систематические ошибки
ПЦР
Ошибки картирования
Специфичность антител
Особенности фиксации взаимодействия
Структурные особенности хроматина
Рекомбинация повторов при амплификации
библиотек