Содержание
- 2. Секвенирование путем синтеза с обратным терминированием (Illumina) Метод основан на детекции флюорофора при присоединении каждого нового
- 3. Секвенирование Illumina Фрагментируйте двуцепочечную ДНК и пришейте к концам фрагментов адаптеры, причем разные. Амплифицируйте фрагменты при
- 4. Секвенирование Illumina 3. Подготовьте ячейку, к поверхности которой пришиты олигонуклеотиды, соответствующие адаптерам. В одном из нуклеотидов
- 5. Секвенирование Illumina 5. Добавьте все для ПЦР, кроме праймеров. В этом случае что-либо может случиться, только
- 6. 6. В результате первого раунда амплификации образуются двуцепочечные молекулы ДНК, каждая цепочка которых одним концом ковалентно
- 7. 7. По окончании первого раунда ПЦР денатурируйте ДНК. Каждая цепочка будет одним концом ковалентно прикреплена к
- 8. 8. Повторите процедуру многажды (типа ПЦР). У вас получатся кластеры одинаковых молекул, ориентированных двумя различными способами.
- 9. 10. Добавьте праймеры и ДНК-полимеразу. Добавьте также 3′-O-азидометил 2′-деоксинуклеозидтрифосфаты (A, C, G и T), каждый с
- 10. Необходима точная оценка концентрации библиотеки • qPCR – необходима стадия контроля качества! Амплификация вызывает «перекос» в
- 11. • секвенирование геномов и транскриптомов de novo отправная точка большинства молекулярно-биологических и генетических исследований на немодельных
- 12. Особенности: • диапазон размеров геномов эукариот – от 2.9 миллионов до 150 миллиардов • повторы •
- 13. Секвенирование de novo Самая большая проблема собственно к секвенированию не относится. СБОРКА ГЕНОМА ИЗ РИДОВ –
- 14. Сравнение технологий NGS
- 15. Сравнение технологий NGS (2012 год, когда они еще реально конкурировали друг с другом) Данные для «настольных»
- 16. Секвенирование третьего поколения (TGS) Технологии TGS начали развиваться совсем недавно. Первые научные работы на эту тему
- 17. Single Molecule Real-Time Sequencing (SMRT) Прибор производит компания Pacific Biosystems. Технология основана на жестком закреплении ДНК-полимеразы
- 18. Single Molecule Real-Time Sequencing (SMRT) Флюорофоры пришиты к терминальным фосфатным группам нуклеотидов. Такая метка меньше влияет
- 19. Нанопоровое секвенирование Прибор производит компания Oxford Nanopore. Технология основана на использовании бактериальных токсинов (производные стафилококкового альфа-гемолизина).
- 20. Нанопоровое секвенирование Секвенатор MinION от Oxford Nanopore стоимостью 1500 долларов!!!!!!11
- 21. Нанопоровое секвенирование Двуцепочечная ДНК сшивается с адаптером, представляющим собой шпилечный олигонуклеотид, замыкающий две цепочки ДНК друг
- 22. Нанопоровое секвенирование В каждый момент времени детектируется изменение проводимости от 5-нуклеотидного участка ДНК. В следующий момент
- 23. Нанопоровое секвенирование
- 24. Сравнение всех технологий секвенирования Сравнение реально использующихся сегодня технологий секвенирования
- 26. Скачать презентацию