РНК. Эволюция РНК-полимераз. (Лекция 7-8) презентация

Могущество РНК
РНК участвует в критически важных процессах жизнедеятельности: АТФ — это рибонуклеотид.
Биосинтез белка осуществляется с помощью различных видов РНК.
Для репликации ДНК критически важна РНК.
Для начала процесса удвоения ДНК необходима РНК-«затравка» (праймер);
В процессе обратной транскрипции информация из РНК переписывается в ДНК.
В процессе созревания РНК используются различные РНК, не кодирующие белки, включая малые ядерные РНК, малые ядрышковые РНК.

РНК-полимеразы
Бактерии - один фермент катализирует синтез трёх типов РНК: мРНК, рРНК и тРНК. Основной фермент содержит 5 субъединиц (2 α-субъединицы, β, β', ω) .
Эукариоты - РНК-полимераза I, РНК-полимераза II, РНК-полимераза III.
Археи - один вид РНК-полимеразы, который очень похож на три основных типа РНК-полимераз у эукариот.
Вирусы - РНК-полимеразы многочисленны. РНК-полимераза бактериофага Т7 состоит из одной субъединицы. Фермент похож и на митохондриальную и на хлоропластную РНК-полимеразу.

https://biomolecula.ru

«Кто» стабилизирует нуклеотиды coding цепи ДНК в процессе транскрипции?

Курс «Молекулярная биология клетки»
Основные концепции современной молекулярной биологии.
Структура и стабильность генома. Структура ДНК, процессы репликации ДНК, репарации и пространственной организации генома.
Реализация наследственной информации. Процессы, лежащие в основе "работы" (экспрессии) генов — транскрипция, трансляция. Жизненный цикл мРНК и посттрансляционная судьба белковых молекул.
Клетка и окружающая среда. Взаимодействие клетки с окружающими её клетками через прямые межклеточные контакты и химические сигналы. Обмен веществ (метаболизм) и клеточный цикл.

Лекция 7.
Регуляция экспрессии генов на уровне транскрипции
транскрипционный активатор и репрессор
опероны бактерий, регуляции транскрипции оперонов
отличия в регуляции транскрипции у про- и эукариот

Лактозный оперон

Изменения локальной структуры хроматина обеспечивает контроль генной экспрессии.
Динамическая модель транскрипции хроматина основана на факторах, использующих энергию АТФ для вытеснения нуклеосом с участков специфических последовательностей.
Комплексы ремоделирования:
SWI/SNF - удаление нуклеосом
ISWI - сборка хроматина
CHD - удаляет/деацетилирует
Комплексы ремоделирования хроматина
https://meduniver.com/Medical/genetika/remodelirovanie_xromatina.html

Резюме
Регуляция транскрипции в основном проходит на уровне инициации и осуществляется за счет активности особых белков - транскрипционных факторов, которые могут подавлять (репрессоры) или активировать (активаторы) транскрипцию.
Классическим объектом для изучения регуляции транскрипции является лактозный оперон. В его состав входит операторный участок и гены катаболизма лактозы. В клетке существует белок репрессор, который в отсутствии лактозы связывается с оператором и блокирует транскрипцию. Наличие лактозы в среде связывает репрессор и делает возможным транскрипцию в этой области, тем не менее для эффективной экспрессии необходимо наличие белка CAP, который активируется при отсутствии глюкозы в среде.

Резюме
У эукариот регуляция транскрипции достигается путем взаимодействия множества специфических транскрипционных факторов с промоторами, что создает уникальные шаблоны экспрессии (паттерны) в разных типах клеток.
Помимо промоторов, у эукариот имеются и другие цис-регуляторные элементы, принимающие участие в регуляции транскрипции. Это активирующие и репрессирующие регионы, расположенные на большом удалении от точки начала транскрипции (энхансеры и сайленсеры).

Резюме
Регуляция транскрипции эукариот зависит от химических модификаций гистонов, что создаёт так называемый гистоновый код.
Примерами типичных активирующих модификаций являются ацетилирование 27 лизина гистона Н3 (метка энхансеров) и триметилирование 4 лизина гистона Н3 (Н3К4Ме3, метка активных промоторов).

Лекция 8.
Созревание мРНК
процессы, происходящие с мРНК про- и эукариот в промежутке от транскрипции до трансляции
структура и модификация матричной РНК
сплайсинг

Cap
Start
Stop

Caenorhabditis elegans vs. Homo sapiens
Свободноживущая нематода
Caenorhabditis elegans
Маленький модельный геном животного Геном: 100 млн п. о.
Белок кодирующих генов: ~20 000
Человек
Homo sapiens
Проект «Геном человека» 1990-2003
Геном: 3000 млн п. о.
Белок кодирующих генов: до 28 000
Белков: до 105
Один ген Drosophila melanogaster, известный как DSCAM, при независимом комбинировании в мРНК всех имеющихся экзонов может дать 38 016 изоформ
«Единственное, чему научила меня моя долгая жизнь: что вся наша наука перед лицом реальности выглядит примитивно и по-детски наивно — и всё же это самое ценное, что у нас есть.»

Транс-сплайсинг
Транс-сплайсинг - разные транскрипты сшиваются в один.
Встречается у некоторых трипаносом (одноклеточные паразиты). В нём принимают участие некоторые малые ядерные РНК, а именно U2, U4
и U6.

Редактирование РНК
Редактирование РНК - химическая модификация оснований в составе РНК. Редактирование показано для ряда мРНК, тРНК и рРНК.
Редактирование мРНК можно рассмотреть на примере судьбы транскрипта гена APOB1. Особый комплекс, называемый эдитосомой, в состав которого входит цитидиндезаминаза APOBEC-1(Apolipoprotein B mRNA Editing Catalytic polypeptide 1) осуществляет дезаминирование цитозина до урацила, что приводит к изменению последовательности белка вследствие изменения кодонов в транскрипте. Иногда редактирование мРНК может привести к преждевременному стоп-кодону, что характерно для мРНК NF1. Редактирование мРНК позволяет создать тканеспецифичные транскрипты даже после осуществления сплайсинга.

Резюме
мРНК прокариот полицистронна, то есть содержит несколько рамок считывания для синтеза нескольких белков. мРНК эукариот как правило имеют только одну рамку считывания, а также содержит специфические модификации (поли-А хвост на 3’-конце и кэп на 5’-конце)
Кэп представляет собой 7-метилгуанозин через 5’-5’ дифосфатный мостик. Кэп защищает мРНК от многочисленных нуклеаз и участвует в транспорте, а также инициации трансляции.

Резюме
3’ конец мРНК полиаденилирован. Полиаденилирование мРНК сопряжено с терминацией транскрипции. Специальный комплекс белков CPSF связывается с сигнальной последовательностью полиаденилирования, приводя к отщеплению транскрипта и рекрутируя поли-А-полимеразу, которая присоединяет адениновые нуклеотиды. Оставшийся незащищенный кэпом кусок РНК расщепляется нуклеазами.
Структура генов эукариот принципиально отличается наличием интронов - некодирующих участков, находящихся между экзонами. Процесс вырезания интронов называется сплайсингом.

Резюме
Сплайсинг обеспечивают белки и малые ядерные РНК (U1-U6). В ходе сплайсинга границы интронов узнаются малыми рибонуклеопротеинами (комплексами РНК с белками), и происходит сближение границ интрона и его выпетливание из транскрипта. Сплайсинг происходит одновременно с процессом транскрипции.
Альтернативный сплайсинг - неодинаковое вырезание участков РНК - существенно увеличивает многообразия трансприптов. Типы альтернативного сплайсинга:
1) Кассетный экзон - это экзон, который может вырезаться или оставаться интактным.
2) Взаимоисключающие экзоны - пара экзонов, где только один входит в транскрипт.
3) Удержание интрона - процесс, при котором интрон может не вырезаться из транскрипта.
4) Альтернативные границы сплайсинга с 5’ и 3’ концов