Методы типирования презентация

Саузерн-блоттинг

Саузерн-блоттинг

Саузерн-блоттинг

Саузерн-блоттинг

Саузерн-блоттинг

Саузерн-блоттинг

Макрорестрикционный анализ,
Электрофорез в пульсирующем поле (PFGE)

Макрорестрикционный анализ,
Электрофорез в пульсирующем поле (PFGE)

Макрорестрикционный анализ,
Электрофорез в пульсирующем поле
Assignment of Staphylococcus Isolates to Groups by spa Typing, SmaI Macrorestriction Analysis, and Multilocus Sequence Typing
J. Clin. Microbiol. July 2006 vol. 44 no. 7 2533-2540

RFLP (ПДРФ – полиморфизм длин рестрикционных фрагментов)

RFLP (ПДРФ – полиморфизм длин рестрикционных фрагментов)

RFLP (ПДРФ – полиморфизм длин рестрикционных фрагментов)

RFLP (ПДРФ – полиморфизм длин рестрикционных фрагментов)

Подбор праймеров, специфичных к участкам гена dnaA
Примечание:
В скобках указан номер нуклеотида в последовательности гена, соответствующий началу и концу представленного участка
Праймеры:
Xnf 5′-ATGGA(T/A)(G/T)C(T/C)TGG(C/T)CCCG-3′, Тm = 56 ºС
Xnr 5′-CGGCA(G/A)GC(A/G)TG(C/T)A(G/A)CAC-3′, Тm = 58 ºС
Семейство Xanthomonadaceae
Типирование методом локус-специфичной ПЦР-ПДРФ

Типирование методом локус-специфичной ПЦР-ПДРФ
Семейство Xanthomonadaceae
Профили фрагментов рестрикции амплификата гена dnaA
С использованием рестриктазы Aat2
С использованием рестриктазы Bgl1
Дорожки 1 – 16 – ПДРФ профили фрагмента гена dnaA микроорганизмов сем. Xanthomonadaceae
1 – Pseudoxanthomonas suwonensis 11-1; 2 – Stenotrophomonas maltophilia K279a; 3 – Stenotrophomonas maltophilia R551-3; 4 – Xanthomonas albilineans GPE PC73; 5 – Xanthomonas axonopodis pv. citri str. 306;
6 – Xanthomonas campestris pv. campestris str. 8004; 7 – Xanthomonas campestris pv. campestris str. ATCC 33913;
8 – Xanthomonas campestris pv. campestris str. B100; 9 – Xanthomonas campestris pv. vesicatoria str. 85-10;
10 – Xanthomonas oryzae pv. oryzae KACC10331; 11 – Xanthomonas oryzae pv. oryzae MAFF 311018;
12 – Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A; 13 – Xylella fastidiosa 9a5c; 14 – Xylella fastidiosa M12;
15 – Xylella fastidiosa M23; 16 – Xylella fastidiosa Temecula1; М – Маркер молекулярной массы

Семейство Xanthomonadaceae
Профили фрагментов рестрикции амплификата гена dnaA
С использованием рестриктазы Sac1
Дорожки 1 – 16 – ПДРФ профили фрагмента гена dnaA микроорганизмов сем. Xanthomonadaceae
1 – Pseudoxanthomonas suwonensis 11-1; 2 – Stenotrophomonas maltophilia K279a; 3 – Stenotrophomonas maltophilia R551-3; 4 – Xanthomonas albilineans GPE PC73; 5 – Xanthomonas axonopodis pv. citri str. 306;
6 – Xanthomonas campestris pv. campestris str. 8004; 7 – Xanthomonas campestris pv. campestris str. ATCC 33913;
8 – Xanthomonas campestris pv. campestris str. B100; 9 – Xanthomonas campestris pv. vesicatoria str. 85-10;
10 – Xanthomonas oryzae pv. oryzae KACC10331; 11 – Xanthomonas oryzae pv. oryzae MAFF 311018;
12 – Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A; 13 – Xylella fastidiosa 9a5c; 14 – Xylella fastidiosa M12;
15 – Xylella fastidiosa M23; 16 – Xylella fastidiosa Temecula1; М – Маркер молекулярной массы
Типирование методом локус-специфичной ПЦР-ПДРФ

AFLP – amplified fragment length polymorphism

AFLP – amplified fragment length polymorphism

AFLP – amplified fragment length polymorphism

RAPD – random amplified polymorphic DNA

RAPD – random amplified polymorphic DNA

RAPD – random amplified polymorphic DNA
RAPD profiles of Bacillus isolates

REP-PCR

REP-PCR

REP-PCR

Типирование методом амплификации локусов, содержащих CRISPR-элементы
(CRISPR — Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats)
Структура CRISPR-повторов в геноме Xanthomonas anoxypoda

VNTR (MLVA – multiple-locus variable tandem repeat analysis)

Alignment of Lpms37 repeats and flanking sequences in the three reference strains and three unrelated isolates using ClustalW.
Christine Pourcel et al. J. Clin. Microbiol. 2007;45:1190-1199

Методы генотипирования микроорганизмов

PLFA: Phospholipid Fatty Acid

DGGE: Denaturing Gradient Gel Electrophoresis