Загальна характеристика родини Coronaviridae презентация

Порядок Nidoverales
1. Родина Coronaviridae
1.1. Рід Coronavirus
1.2. Рід Torovirus
2. Родина Arteriviridae
2.1. Рід Arterivirus
3. Родина Roniviridae
3.1. Рід Okavirus

До складу підродини Coronavirinae входять три роди.
1. Рід Alphacoronavirus – альфакоронавірус першого типу, коронавіруси собак першого й другого типів, котів першого й другого (вірус інфекційного перитоніту котів) типів, інфекційного гастроентериту свиней, вірус інфекційного трахеобронхіту свиней ISU-1, людські коронавіруси 229 Е та NL 63, коронавіруси кажанів Scotophilus 512 тощо.

2. Рід Betacoronavirus – коронавіруси людини (ОС43 та HKU1), корів (Мебус), коней (NC99), мишей (вірус гепатиту мишей), гемаглютинуючий вірус енцефаломієліту свиней, SARS-подібні віруси, коронавірус пацюків, коронавіруси кажанів Pipistrellus HKU5, Rousettus HKU9 тощо.
3. Рід Gammacoronavirus – коронавіруси птахів (вірус інфекційного бронхіту курей, коронавірус індиків) і кита-білухи.

Підродина Torovirinae містить роди Torovirus та Bifinivirus.
1. Рід Torovirus: коронавірус коней, вірус Берне, вірус Бреда (ВРХ), торовіруси людини та свиней.
2. Рід Bifinivirus – вірус білого ляща.

BoTV
PoTV
Торовіруси

Віріони сферичні, оточені ліпідвмісною оболонкою. Діаметр 120-160 нм, серцевина – ікосаедрична (діаметр 64 нм), оточує спіральний нуклеокапсид.
Пепломери (тримери (зубець шип)-spike protein) довжиною біля 20 нм. У деяких коронавірусів другий шар пепломерів формує гемаглютинінестеразу (НЕ).

Структурні білки:
S (spike protein) – приєднання до рецепторів, злиття оболонок, гемаглютинація, індукція нейтралізуючих антитіл. Головний антиген. Найбільший – з 1452 АК. У деяких коронавірусів розпадається на S1 і S2 субодиниці;
M (membrane protein) –- брунькування та формування оболонки віріону. З 225-260 АК. Може індукувати а-інтерферон;
E (small membrane protein) – асоційований з оболонкою білок. З 80-109 АК. Разом з М білком приймає участь у збірці віріонів;
НЕ - гемаглютинінестераза (присутній не у всіх вірусів). Частково споріднений з НЕ вірусу грипу С.
N (білок нуклеокапсиду) – асоційований з геномом, основний фосфопротеїн. Приймає участь у реплікації геному.

Неструктурні білки:
pol закодована у двох відкритих рамках зчитування 1a та 1b, які перекриваються в декількох нтд. Ген pol може відповідати за функції 3С-подібної протеази, багатий на цистеїн фактор росту, РНК-зал-РНК-пол, нуклекапсид трифосфат (НТФ) приєднувальний/хеліказний домен та домен приєднання до НК.

Геном - 1 молекула лінійної 1 л РНК, позитивної полярності. 27,6-31 kb.
На 5’- кінці - сар, а на 3’- кінці - poly (A).
На 5’- кінці за сар структурою знаходиться лідуюча послідовність з 65-98 нтд та регіон з 200-400 нтд, що не транслюється (UTR).
На 3’- кінці poly (A) передує UTR, що складається з 200-500 нтд.

Організація геному
Characteristic gene order of Typical coronaviruses and SARS:
5’-- Replicase (Rep)-- Spike (S)-- Envelope (E)-- Membrane (M)-- Nucleocapsid (N) –3’
Rota. P. et. al

Маса віріонів 400 х 103 кДа. Плавуча густина в градієнті щільності сахарози 1,15-1,2 г/см3, а у CsCl – 1,23-1,24 г/см3. Константа седиментації –300-500 S.
Віріони чутливі до підвищенної температури, органічних розчинників, неіонних детергентів, формальдегіду, окисників (кілька хв) та ультра-фіолетового опромінення (10-15хв). Пряме сонячне опромінення призводить до повільної інактивації вірусів – 3 год при 37-38ºС.
Деякі представиники двох родів стійкі при рН 3. Оптимальний рН – 7-7,5. Віріони зберігають інфекційність у ліофілізованому стані при 4С впродовж років, у замороженому – при температурі –70ºС. Коронавіруси зберігають інфекційну активність у повітрі у вигляді аерозолю протягом 8-10 год, у питній воді – до 9 діб, при температурі 0-18ºС поза приміщенням – до 4-10 діб, нижче за 0ºС – до 33-44 діб.

Час реплікації= 24 -30 год. (вірус грипу 4-8 год.)

Спочатку 5’ 20kb + РНК (геномної РНК) транслюється з утворенням вірусної полімерази, яка потім продукує повнорозмірну – РНК, яка використовується як матриця для утворення транскриптів мРНК з ідентичними 5’-кінцями (неструктурна лідуюча послідовність з 72 нтд) та відповідним генам 3’ кінця. Кожна мРНК – моноцистронна, гени з 5’-кінця транскрибуються з утворенням найдовшої мРНК і т.д. Ці мРНК утворюються не в результаті сплайсингу, а за рахунок специфічної роботи полімерази. Між кожним з генів існує повторювальна послідовність – UCUAAAC – що взаємодіє з полімеразою та клітинними факторами для зшивки лідуючої послідовності з початком кожної ORF.

Патогенез
Коронавіруси уражують велику кількість видів ссавців та птахів.
У людей коронавіруси викликають:
- Респіраторні інфекції, включаючи SARS;
- Ураження ШКТ (в основному у немовлят, менше 1 року);
- Неврологічний синдром (рідко).

Механізми передачі
аерозольний,
фекально-оральний,
контактний.

SARS

SARS
SARS – тип вірусної пневмонії, з симптомами лихоманки, сухого кашлю, диспенії, головним болем, гіпоксією (низька концентрація кисню у крові), лімфопенією та низьким рівнем АлАт (що вказує на руйнування печінки). Смерть може наступити в результаті прогресуючої респіраторної недостатності через руйнування альвеол.

Типові симптоми SARS
лихоманка (94%),
грипоподібні симптоми (51-72%),
втрата апетиту та міалгія. Ураження ШКТ є менш типовим. Воно характеризується наявністю діареї (27%), блювоти (14%), черевним болем (13%).
Інкубаційний період SARS – 4-6 діб.
Відсоток смертності:
для пацієнтів молодших 60 років - 2-13%
для старших 60 років - 3-43%.

Клінічна картина
короткий інкубаційний період (6 днів)
період змоменту зараження до появи симптомів триває від 2 до 16 днів
інтесивна терапія потрібна не пізніше ніж через 10 днів після появи симптомів
Виділяють 3 фази захворювання:
1 тиждень: симптоми ГРВІ,гарячка, міалгія, озноб та біль у горлі.
2 тиждень, повторна гарячка. Початок діареї та кисневої недостатності.
3 тижден. Лише 20% досягає цієї фазиі потребують штучної вентиляції легень.
Відсоток смертності становить 10%.

В'єтнам
26 Лют.. 2003
1
12 Бер 2003
ВООЗ оголосила надзвичайну
епід. ситуацію
Підвищений нагляд
Гонконг Бер. 2003
Канада
14 Бер. 2003
15 Бер. 2003
Підвищений рівень глобальної небезпеки
10 Лют. 2003
Гуандонг
З 15 березня до 7 квітня у 18 країнах виявлено SARS: ВООЗ оголосила глобальну небезпеку
27 Бер. 2003
ВООЗ рекомендує ввести нові вимоги
до міжнародних подорожей
2 Квіт. 2003
Експерти ВООЗ добровільне утримання від не важливих подорожей до Гонконгу та провінції Гуандонг в Китаї
Сінгапур
Бер. 2003

Кількість випадків на 7 квітня 2003
Австралія 3
Бельгія 1
Бразилія 2
Велика Британія 5 В'єтнам 63
Гонконг 1402
Італія 3
Ірландія 1
Іспанія 1
Канада 132
Китай* 1959
Малайзія 6
Німеччина 5 Румунія 1
Сінгапур 178
США 39
Тайвань (Китай) 21
Таїланд 7
Франція 3
Швейцарія 1
Всього = 2 461 випадків та 98 загиблих
In bold, affected areas/countries in which local chain(s) of transmission of SARS is/are occurring
as reported by the national public health authorities

Гімалайська цивета (Paguma larvata)

Останні дані свідчать про те, що пальмова цивета не є резервуаром SARS
Не поширене захворювання серед диких та свійських тварин (цивет)
У цивет не формується імунітету до SARS-CoV

Природні хазяї SARS
SARS (або споріднений вірус) можливо циркулює у диких кажанів (подковоноси) у Китаї.
Індикація:
Віруси з гомогологією у 92% до віруса SARS виділені дослідниками з Академії Наук Китая з трьох видів кажанів.
У цих тварин перебіг інфекції був або малосимптомний або безсимптомний
Безпосередня передача від кажана до людини навряд відбувається
Між вірусами існує різниця в генах, що кодують білки-прикріплення.
Можливо відбулася пердача вірусу до проміжного хазяїна (цивета) та його адаптація в такий спосіб, що призвів до інфікування людини.
Вважають, що підковоноси є природним резервуаром SARS!
galleries.news24.com/. ../images/11.jpg
zmmu.msu.ru/bats/rusbats/ pictures/rhboch.jpg